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Marin F.r.Autor (correspondencia)Soler-Rivas C.Autor o Coautor
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RNA-Seq, Bioinformatic Identification of Potential MicroRNA-Like Small RNAs in the Edible Mushroom Agaricus bisporus and Experimental Approach for Their Validation

Publicado en:INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES. 23 (9): 4923- - 2022-05-01 23(9), DOI: 10.3390/ijms23094923

Autores: Marin FR; Dávalos A; Kiltschewskij D; Crespo MC; Cairns M; Andrés-León E; Soler-Rivas C

Afiliaciones

Campus de Excelencia Internacional UAM+CSIC - Autor o Coautor
CSIC - Instituto de Parasitologia y Biomedicina Lopez Neyra (IPBLN) - Autor o Coautor
CSIC, Inst Parasitol & Biomed Lopez Neyra, Bioinformat Unit, Granada 18016, Spain - Autor o Coautor
Pabellon Cent Antiguo Hosp Cantoblanco, Madrid Inst Adv Studies IMDEA Food CEI UAM CSIC, Lab Epigenet Lipid Metab, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Inst Food Sci Res CIAL UAM CSIC, Dept Prod & Characterizat Novel Foods, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
Univ Newcastle, Fac Hlth & Med, Sch Biomed Sci & Pharm, Callaghan, NSW 2308, Australia - Autor o Coautor
Universidad Autónoma de Madrid - Autor o Coautor
University of Newcastle, Faculty of Health and Medicine - Autor o Coautor
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Resumen

Although genomes from many edible mushrooms are sequenced, studies on fungal micro RNAs (miRNAs) are scarce. Most of the bioinformatic tools are designed for plants or animals, but the processing and expression of fungal miRNAs share similarities and differences with both kingdoms. Moreover, since mushroom species such as Agaricus bisporus (A. bisporus, white button mushroom) are frequently consumed as food, controversial discussions are still evaluating whether their miRNAs might or might not be assimilated, perhaps within extracellular vesicles (i.e., exosomes). Therefore, the A. bisporus RNA-seq was studied in order to identify potential de novo miRNA-like small RNAs (milRNAs) that might allow their later detection in diet. Results pointed to 1 already known and 37 de novo milRNAs. Three milRNAs were selected for RT-qPCR experiments. Precursors and mature milRNAs were found in the edible parts (caps and stipes), validating the predictions carried out in silico. When their potential gene targets were investigated, results pointed that most were involved in primary and secondary metabolic regulation. However, when the human transcriptome is used as the target, the results suggest that they might interfere with important biological processes related with cancer, infection and neurodegenerative diseases.

Palabras clave
agaricus bisporuscellsfungigenomemilrnasmirbasemirnamirnasoriginspathwaysrt-qpcrsequencetargetstoolwhite button mushroomAgaricus bisporusFungiGene-expressionMilrnasMirnasRt-qpcrWhite button mushroom

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2022, se encontraba en la posición 66/285, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Biochemistry & Molecular Biology.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales de Scopus Elsevier, arroja un valor para la media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.03, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 2.56 (fuente consultada: Dimensions May 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-05-02, el siguiente número de citas:

  • WoS: 3
  • Scopus: 6
  • Europe PMC: 4
  • OpenCitations: 6
Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-02:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 29.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 29 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 5.2.
  • El número de menciones en la red social Facebook: 1 (Altmetric).
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 8 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://repositorio.uam.es/handle/10486/706005
Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Australia.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (MARIN MARTIN, FRANCISCO RAMON) y Último Autor (SOLER RIVAS, CRISTINA).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido MARIN MARTIN, FRANCISCO RAMON.