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We dedicate this work to our colleagues and friends Bernd Fischer and Katrin Eichelbaum, who sadly passed away during the development of this work. We thank Matthias W. Hentze, Encarnacion Martinez-Salas, Javier Martinez, Kui Li, Quentin Sattentau, Ilan Davis, Richard Parton, and Jan Rehwinkel for reagents and advice. We thank the Oxford Micron Advanced Bioimaging Unit for support in microscopy experiments. A.C. is funded by MRC Career Development Award MR/L019434/1, MRC grant MR/R021562/1, and John Fell Funds from the University of Oxford. M.G.M. is funded by the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme under Marie-Sklodowska-Curie grant agreement 700184. I.D. is funded by Wellcome Trust Investigator Award 209412/Z/17/Z.V.P. is funded by a SciLifeLab Fellowship, the Swedish Research Council (VR 2016-01842), a Wallenberg Academy Fellowship (KAW 2016.0123), and the Ragnar Soderberg Foundation. L.C. is funded by grant DGICYT SAF2015-66170-R (MINECO/FEDER). E.G.A. was awarded with a short-term EMBO fellowship (ASTF 358-2015) and an FPU fellowship FPU15/05709. G.M. was supported by the Wellcome Seed Award in Science (210144/Z/18/Z) and the Wellcome Trust Centre Core Grant (092076). G.H. was a recipient of a Wellcome Trust PhD studentship (105246/Z/14/Z).

Análisis de autorías institucional

Garcia-Moreno, ManuelAutor o CoautorGonzalez-Almela, EstherAutor o CoautorCarrasco, LuisAutor o Coautor

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Artículo

System-wide Profiling of RNA-Binding Proteins Uncovers Key Regulators of Virus Infection

Publicado en:MOLECULAR CELL. 74 (1): 196-+ - 2019-04-04 74(1), DOI: 10.1016/j.molcel.2019.01.017

Autores: Garcia-Moreno, Manuel; Noerenberg, Marko; Ni, Shuai; Jarvelin, Aino, I; Gonzalez-Almela, Esther; Lenz, Caroline E.; Bach-Pages, Marcel; Cox, Victoria; Avolio, Rosario; Davis, Thomas; Hester, Svenja; Sohier, Thibault J. M.; Li, Bingnan; Heikel, Gregory; Michlewski, Gracjan; Sanz, Miguel A.; Carrasco, Luis; Ricci, Emiliano P.; Pelechano, Vicent; Davis, Ilan; Fischer, Bernd; Mohammed, Shabaz; Castello, Alfredo;

Afiliaciones

Resumen

The compendium of RNA-binding proteins (RBPs) has been greatly expanded by the development of RNA-interactome capture (RIC). However, it remained unknown if the complement of RBPs changes in response to environmental perturbations and whether these rearrangements are important. To answer these questions, we developed comparative RIC and applied it to cells challenged with an RNA virus called sindbis (SINV). Over 200 RBPs display differential interaction with RNA upon SINV infection. These alterations are mainly driven by the loss of cellular mRNAs and the emergence of viral RNA. RBPs stimulated by the infection redistribute to viral replication factories and regulate the capacity of the virus to infect. For example, ablation of XRN1 causes cells to be refractory to SINV, while GEMIN5 moonlights as a regulator of SINV gene expression. In summary, RNA availability controls RBP localization and function in SINV-infected cells.

Palabras clave

alphavirusgemin5host-virus interactionprotein-rna interactionrna-binding proteinrna-interactome capturesindbistrim25xrn1AlphavirusGemin5GeneHost-virus interactionIdentificationLigaseMessenger-rnaProtein-rna interactionProteomeRecognitionRna-binding proteinRna-interactome captureSindbisSmn complexStructural insightsTranslationTrim25Virus infectionXrn1

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista MOLECULAR CELL debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2019, se encontraba en la posición 4/297, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Biochemistry & Molecular Biology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 4. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 5.23 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 28.23 (fuente consultada: Dimensions May 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-05-27, el siguiente número de citas:

  • WoS: 92
  • Scopus: 135
  • Europe PMC: 89
  • Google Scholar: 156
  • OpenCitations: 146

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-27:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 319.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 316 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 71.13.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 92 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://repositorio.uam.es/handle/10486/718879

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: China; France; Germany; Italy; Sweden; United Kingdom.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (GARCIA MORENO, MANUEL) .