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Garrido-Sanz, DanielAutor (correspondencia)

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30 de octubre de 2025
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Artículo
Sí

Expanding the Pseudomonas diversity of the wheat rhizosphere: four novel species antagonizing fungal phytopathogens and with plant-beneficial properties

Publicado en: Frontiers In Microbiology. 15 1440341- - 2024-07-15 15(), DOI: 10.3389/fmicb.2024.1440341

Autores:

Poli, Noemie; Keel, Christoph Joseph; Garrido-Sanz, Daniel
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Afiliaciones

Department of Fundamental Microbiology, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland. - Autor o Coautor
Univ Lausanne, Dept Fundamental Microbiol, Lausanne, Switzerland - Autor o Coautor

Resumen

Plant-beneficial Pseudomonas bacteria hold the potential to be used as inoculants in agriculture to promote plant growth and health through various mechanisms. The discovery of new strains tailored to specific agricultural needs remains an open area of research. In this study, we report the isolation and characterization of four novel Pseudomonas species associated with the wheat rhizosphere. Comparative genomic analysis with all available Pseudomonas type strains revealed species-level differences, substantiated by both digital DNA-DNA hybridization and average nucleotide identity, underscoring their status as novel species. This was further validated by the phenotypic differences observed when compared to their closest relatives. Three of the novel species belong to the P. fluorescens species complex, with two representing a novel lineage in the Pseudomonas phylogeny. Functional genome annotation revealed the presence of specific features contributing to rhizosphere colonization, including flagella and components for biofilm formation. The novel species have the genetic potential to solubilize nutrients by acidifying the environment, releasing alkaline phosphatases and their metabolism of nitrogen species, indicating potential as biofertilizers. Additionally, the novel species possess traits that may facilitate direct promotion of plant growth through the modulation of the plant hormone balance, including the ACC deaminase enzyme and auxin metabolism. The presence of biosynthetic clusters for toxins such as hydrogen cyanide and non-ribosomal peptides suggests their ability to compete with other microorganisms, including plant pathogens. Direct inoculation of wheat roots significantly enhanced plant growth, with two strains doubling shoot biomass. Three of the strains effectively antagonized fungal phytopathogens (Thielaviopsis basicola, Fusarium oxysporum, and Botrytis cinerea), demonstrating their potential as biocontrol agents. Based on the observed genetic and phenotypic differences from closely related species, we propose the following names for the four novel species: Pseudomonas grandcourensis sp. nov., type strain DGS24(T) ( = DSM 117501(T) = CECT 31011(T)), Pseudomonas purpurea sp. nov., type strain DGS26(T) ( = DSM 117502(T )= CECT 31012(T)), Pseudomonas helvetica sp. nov., type strain DGS28(T) ( = DSM 117503(T) = CECT 31013(T)) and Pseudomonas aestiva sp. nov., type strain DGS32(T) ( = DSM 117504(T) = CECT 31014(T)).
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Palabras clave

DiversityFungal phytopathogen antagonismNovel speciesPhylogenomcisPlant-beneficial bacteriaPseudomonasRhizosphereWheat

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Frontiers in Microbiology debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2024 aún no existen indicios calculados, pero en 2023, se encontraba en la posición 38/163, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Microbiology.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-05:

  • WoS: 7
  • Scopus: 7
  • Europe PMC: 6
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-05:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 31.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 31 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 17.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 11 (Altmetric).
  • El número de menciones en Wikipedia: 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Switzerland.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Último Autor (GARRIDO SANZ, DANIEL).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido GARRIDO SANZ, DANIEL.

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Reconocimientos ligados al ítem

We thank the Genomic Technologies Facility of the University of Lausanne, Switzerland, for sequencing the genomes of the four reported strains, the Electron Microscopy Facility of the University of Lausanne for the help with preparation of samples and their imaging, and Caterina Matasci (Delley Seeds and Plants Ltd., Switzerland), for providing us with the wheat seeds used in this study.
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