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Grant support

The authors acknowledge technical assistance from I. Perez-Jover, S. Backlund, and M. Sierra -Gonzalez, and fruitful discussions with J. M. Buldu, J. Garcia-Ojalvo, J. Iranzo and A. Pons. J.A. and R.G. received support from grant No. PID2021-122936NB-I00 and J.A. from grant No. MDM-2017-0737 Unidad de Excelencia "Maria de Maeztu"- Centro de Astrobiologia (CSIC-INTA) , all of them funded by the Spanish Ministry of Science and Innovation/State Agency of Research MCIN/AEI/10.13039/501100011033 and by "ERDF A way of making Europe"'.

Análisis de autorías institucional

Guantes RAutor o Coautor

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18 de diciembre de 2023
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Artículo
No

Virus-host protein co-expression networks reveal temporal organization and strategies of viral infection

Publicado en:iScience. 26 (12): e108475- - 2023-12-15 26(12), DOI: 10.1016/j.isci.2023.108475

Autores: Aguirre, J.; Guantes, R.

Afiliaciones

Centro de Astrobiología (CAB), CSIC-INTA, ctra. de Ajalvir km 4, 28850 Torrejón de Ardoz, Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Condensed Matter Physics Center (IFIMAC), Science Faculty, Universidad Autónoma de Madrid, 28049 Cantoblanco, Madrid, Spain. - Autor o Coautor
CSIC INTA, Ctr Astrobiologıa CAB, Ctra Ajalvir Km 4, Torrejon De Ardoz 28850, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Department of Condensed Matter Physics and Material Science Institute 'Nicolás Cabrera', Science Faculty, Universidad Autónoma de Madrid, 28049 Cantoblanco, Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Grp Interdisciplinar Sistemas Complejos GISC, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Grupo Interdisciplinar de Sistemas Complejos (GISC), Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Inst Nicolas Cabrera, Sci Fac, Dept Condensed Matter Phys & Mat Sci, Canto Blanco 28049, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Sci Fac, Condensed Matter Phys Ctr IFIMAC, Canto Blanco 28049, Madrid, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Viral replication is a complex dynamical process involving the global remodeling of the host cellular machinery across several stages. In this study, we provide a unified view of the virus-host interaction at the proteome level reconstructing protein co-expression networks from quantitative temporal data of four large DNA viruses. We take advantage of a formal framework, the theory of competing networks, to describe the viral infection as a dynamical system taking place on a network of networks where perturbations induced by viral proteins spread to hijack the host proteome for the virus benefit. Our methodology demonstrates how the viral replication cycle can be effectively examined as a complex interaction between protein networks, providing useful insights into the viral and host's temporal organization and strategies, key protein nodes targeted by the virus and dynamical bottlenecks during the course of the infection.© 2023 The Author(s).

Palabras clave

community structurecyclegene-expressionidentificationinductionEpstein-barr-virusMolecular networkProteomicsVirology

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista iScience debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2023, se encontraba en la posición 19/134, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Multidisciplinary Sciences.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 2.04, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-04:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 7.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 7 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 8.65.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 12 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Último Autor (GUANTES NAVACERRADA, RAUL).