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Gallego Simon, RamonAutor o Coautor

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7 de noviembre de 2022
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Green

Toward quantitative metabarcoding

Publicado en:ECOLOGY. 104 (2): e3906- - 2023-01-01 104(2), DOI: 10.1002/ecy.3906

Autores: Shelton, Andrew Olaf; Gold, Zachary J; Jensen, Alexander J; Agnese, Erin D; Allan, Elizabeth Andruszkiewicz; Van Cise, Amy; Gallego, Ramon; Ramon-Laca, Ana; Garber-Yonts, Maya; Parsons, Kim; Kelly, Ryan P

Afiliaciones

CICOES, University of Washington and Northwest Fisheries Science Center, National Marine Fisheries Service, 3737 Brooklyn Ave NE, Seattle, WA, U.S.A. - Autor o Coautor
Conservation Biology Division, Northwest Fisheries Science Center, National Marine Fisheries Service, National Oceanic and Atmospheric Administration, 2725 Montlake Blvd. E, Seattle, WA, U.S.A. - Autor o Coautor
Natl Marine Fisheries Serv, Northwest Fisheries Sci Ctr, Seattle, WA USA - Autor o Coautor
NOAA, Conservat Biol Div, Northwest Fisheries Sci Ctr, Natl Marine Fisheries Serv, Seattle, WA 98115 USA - Autor o Coautor
NOAA, North Gulf Ocean Soc, Northwest Fisheries Sci Ctr, Seattle, WA USA - Autor o Coautor
North Gulf Oceanic Society, Visiting Scientist at Northwest Fisheries Science Center, National Oceanic and Atmospheric Administration, 2725 Montlake Blvd. E., Seattle, WA, USA. - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Dept Biol, Unidad Genet, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Washington, CICOES, Seattle, WA USA - Autor o Coautor
Univ Washington, Sch Marine & Environm Affairs, Seattle, WA 98195 USA - Autor o Coautor
Universidad Autonoma de Madrid, Unidad de Genetica, Departamento de Biologia, C/Darwin, 2. 28049 Cantoblanco, Madrid, Spain. - Autor o Coautor
University of Washington, School of Marine and Environmental Affairs, 3707 Brooklyn Ave NE, Seattle, WA, U.S.A. - Autor o Coautor
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Resumen

Amplicon-sequence data from environmental DNA (eDNA) and microbiome studies provides important information for ecology, conservation, management, and health. At present, amplicon-sequencing studies - known also as metabarcoding studies, in which the primary data consist of targeted, amplified fragments of DNA sequenced from many taxa in a mixture - struggle to link genetic observations to underlying biology in a quantitative way, but many applications require quantitative information about the taxa or systems under scrutiny. As metabarcoding studies proliferate in ecology, it becomes more important to develop ways to make them quantitative to ensure that their conclusions are adequately supported. Here we link previously disparate sets of techniques for making such data quantitative, showing that the underlying PCR mechanism explains observed patterns of amplicon data in a general way. By modeling the process through which amplicon-sequence data arises, rather than transforming the data post-hoc, we show how to estimate the starting DNA proportions from a mixture of many taxa. We illustrate how to calibrate the model using mock communities and apply the approach to simulated data and a series of empirical examples. Our approach opens the door to improve the use of metabarcoding data in a wide range of applications in ecology, public health, and related fields.This article is protected by copyright. All rights reserved.

Palabras clave

bias adjustmentbiodiversitycommunitiescommunity structurecompositional analysisdietdiet analysisenvironmental dnaAmplicon sequencingBias adjustmentBiodiversityCommunity structureCompositional analysisDiet analysisDnaDna barcoding, taxonomicEcologyEnvironmental dnaMicrobiota

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista ECOLOGY debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2023, se encontraba en la posición 32/197, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Ecology.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 27.13, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-07, el siguiente número de citas:

  • WoS: 50
  • Scopus: 65
  • Europe PMC: 9

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-07:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 137.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 137 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 10.15.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 13 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United States of America.