{rfName}
Ev

Indexado en

Licencia y uso

Citaciones

10

Altmetrics

Grant support

This work was supported by grant PID2019-111256RB-I00 funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033 to R.D.U.; P.H.N. supported by Comunidad deMadrid's [PEJ-2019-AI/BMD-13961 to R.D.U.].

Impacto en los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS)

Análisis de autorías institucional

Diaz-Uriarte RAutor (correspondencia)
Compartir
Publicaciones
>
Artículo

EvAM-Tools: tools for evolutionary accumulation and cancer progression models

Publicado en:BIOINFORMATICS. 38 (24): 5457-5459 - 2022-12-15 38(24), DOI: 10.1093/bioinformatics/btac710

Autores: Diaz-Uriarte R, Herrera-Nieto P

Afiliaciones

Department of Biochemistry, Universidad Autónoma de Madrid, Instituto de Investigaciones Biomédicas "Alberto Sols" (UAM-CSIC), Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Inst Invest Biomed Alberto Sols UAM CSIC, Dept Biochem, Madrid, Spain - Autor o Coautor

Resumen

EvAM-Tools is an R package and web application that provides a unified interface to state-of-the-art cancer progression models (CPMs) and, more generally, evolutionary models of event accumulation. The output includes, in addition to the fitted models, the transition (and transition rate) matrices between genotypes and the probabilities of evolutionary paths. Generation of random cancer progression models is also available. Using the GUI in the web application, users can easily construct models (modifying Directed Acyclic Graphs -DAGs- of restrictions, matrices of mutual hazards, or specifying genotype composition), generate data from them (with user-specified observational/genotyping error), and analyze the data.Implemented in R and C; open source code available under the GNU Affero General Public License v3.0 at https://github.com/rdiaz02/EvAM-Tools. Docker images freely available from https://hub.docker.com/u/rdiaz02. Web app freely accessible at https://iib.uam.es/evamtools.Supplementary data are available at Bioinformatics online.© The Author(s) 2022. Published by Oxford University Press.

Palabras clave
Astronomia / físicaBiochemical research methodsBiochemistryBiodiversidadeBiology, miscellaneousBiotechnology & applied microbiologyBiotecnologíaCiência da computaçãoCiências agrárias iCiências biológicas iCiências biológicas iiCiências biológicas iiiComputational mathematicsComputational theory and mathematicsComputer science applicationsComputer science, interdisciplinary applicationsEconomiaEngenharias ivGeneral medicineInterdisciplinarMatemática / probabilidade e estatísticaMathematical & computational biologyMathematics, interdisciplinary applicationsMedicina iMedicina iiMedicina veterinariaMolecular biologyNutriçãoOdontologíaStatistics & probabilityStatistics and probability

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista BIOINFORMATICS debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2022, se encontraba en la posición 8/77, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Mathematical & Computational Biology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

2025-05-06:

  • Open Alex: 8
  • Google Scholar: 5
  • Scopus: 5
  • OpenCitations: 9
Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-06:

  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 1 (PlumX).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://repositorio.uam.es/handle/10486/711662
Siguiendo con el impacto social del trabajo, es importante enfatizar el hecho de que, por su contenido, puede ser asignado a la línea de interés del ODS 17 - Revitalizar la Alianza Mundial para el Desarrollo Sostenible, con una probabilidad del 42% según el algoritmo mBERT desarrollado por Aurora University.
Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (DIAZ URIARTE, RAMON) y Último Autor (Herrera-Nieto P).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido DIAZ URIARTE, RAMON.