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Licencia y uso

Altmetrics

Grant support

We deeply thank Dr. P. Hapala for providing us with the code used to simulate the AFM images. We would like to acknowledge support from the Comunidad de Madrid Industrial Doctorate programme 2017 under reference number IND2017/IND-7793, Quasar Science Resources S.L., and the Spanish MINECO (project MAT2017-83273-R). P.P. and R.P. acknowledge support from the Spanish Ministry of Science and Innovation, through project PID2020-115864RB-I00 and the "Maria de Maeztu" Programme for Units of Excellence in R&D (CEX2018-000805-M). Computer time provided by the Red Espan~ola de Supercomputacion (RES) at the Finisterrae II Supercomputer is gratefully acknowledged.

Análisis de autorías institucional

Romero-Muñiz CAutor o CoautorPou PAutor o CoautorPerez RAutor (correspondencia)

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9 de marzo de 2022
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Artículo
Green

QUAM-AFM: A Free Database for Molecular Identification by Atomic Force Microscopy

Publicado en:Journal of Chemical Information and Modeling. 62 (5): 1214-1223 - 2022-03-14 62(5), DOI: 10.1021/acs.jcim.1c01323

Autores: Carracedo-Cosme, Jaime; Romero-Muniz, Carlos; Pou, Pablo; Perez, Ruben

Afiliaciones

Condensed Matter Physics Center (IFIMAC), Universidad Autónoma de Madrid, E-28049 Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Departamento de Física Aplicada I, Universidad de Sevilla, E-41012 Seville, Spain. - Autor o Coautor
Departamento de Física Teórica de la Materia Condensada, Universidad Autónoma de Madrid, E-28049 Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Quasar Sci Resources SL, E-28232 Las Rozas De Madrid, Spain - Autor o Coautor
Quasar Science Resources S.L., Camino de las Ceudas 2, E-28232 Las Rozas de Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Condensed Matter Phys Ctr IFIMAC, E-28049 Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Dept Fis Teor Mat Condensada, E-28049 Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Seville, Dept Fis Aplicada 1, E-41012 Seville, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

This paper introduces Quasar Science Resources-Autonomous University of Madrid atomic force microscopy image data set (QUAM-AFM), the largest data set of simulated atomic force microscopy (AFM) images generated from a selection of 685,513 molecules that span the most relevant bonding structures and chemical species in organic chemistry. QUAM-AFM contains, for each molecule, 24 3D image stacks, each consisting of constant-height images simulated for 10 tip-sample distances with a different combination of AFM operational parameters, resulting in a total of 165 million images with a resolution of 256 × 256 pixels. The 3D stacks are especially appropriate to tackle the goal of the chemical identification within AFM experiments by using deep learning techniques. The data provided for each molecule include, besides a set of AFM images, ball-and-stick depictions, IUPAC names, chemical formulas, atomic coordinates, and map of atom heights. In order to simplify the use of the collection as a source of information, we have developed a graphical user interface that allows the search for structures by CID number, IUPAC name, or chemical formula.

Palabras clave

Drug combinationsImaging, three-dimensionalLidaprimMicroscopy, atomic forceSulfanilamidesTotal-energy calculationsTrimethoprim

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Journal of Chemical Information and Modeling debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2022, se encontraba en la posición 11/60, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Chemistry, Medicinal.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 2.38. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.82 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 2.82 (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-19, el siguiente número de citas:

  • WoS: 10
  • Scopus: 10
  • Europe PMC: 5

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-19:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 17.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 22 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 5.3.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 10 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://repositorio.uam.es/handle/10486/719714

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Carracedo-Cosme J) y Último Autor (PEREZ PEREZ, RUBEN).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido PEREZ PEREZ, RUBEN.