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Molina-Venegas RAutor (correspondencia)

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11 de febrero de 2022
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Revisiting phylogenetic signal; strong or negligible impacts of polytomies and branch length information?

Publicado en:BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY. 17 (1): 53- - 2017-02-15 17(1), DOI: 10.1186/s12862-017-0898-y

Autores: Molina-Venegas R; Rodríguez M

Afiliaciones

Resumen

Background: Inaccurate estimates of phylogenetic signal may mislead interpretations of many ecological and evolutionary processes, and hence understanding where potential sources of uncertainty may lay has become a priority for comparative studies. Importantly, the sensitivity of phylogenetic signal indices and their associated statistical tests to incompletely resolved phylogenies and suboptimal branch-length information has been only partially investigated. Methods: Here, we use simulations of trait evolution along phylogenetic trees to assess whether incompletely resolved phylogenies (polytomic chronograms) and phylogenies with suboptimal branch-length information (pseudo-chronograms) could produce directional biases in significance tests (p-values) associated with Blomberg et al.'s K and Pagel's lambda (λ) statistics, two of the most widely used indices to measure and test phylogenetic signal. Specifically, we conducted pairwise comparisons between the p-values resulted from the use of true chronograms and their degraded counterparts (i.e. polytomic chronograms and pseudo-chronograms), and computed the frequency with which the null hypothesis of no phylogenetic signal was accepted using true chronograms but rejected when using their degraded counterparts (type I bias) and vice versa (type II bias). Results: We found that the use of polytomic chronograms in combination with Blomberg et al.'s K resulted in both, clearly inflated estimates of phylogenetic signal and moderate levels of type I and II biases. More importantly, pseudo-chronograms led to high rates of type I biases. In contrast, Pagel's λ was strongly robust to either incompletely resolved phylogenies and suboptimal branch-length information. Conclusions: Our results suggest that pseudo-chronograms can lead to strong overestimation of phylogenetic signal when using Blomberg et al.'s K (i.e. high rates of type I biases), while polytomies may be a minor concern given other sources of uncertainty. In contrast, Pagel's λ seems strongly robust to either incompletely resolved phylogenies and suboptimal branch-length information. Hence, Pagel's λ may be a more appropriate alternative over Blomberg et al.'s K to measure and test phylogenetic signal in most ecologically relevant traits when phylogenetic information is incomplete.

Palabras clave

bladjblomberg’s kpagel’s lambdaphylogenetic resolutionphylogeny calibrationBladjBlomberg's kPagel's lambdaPhylogenetic resolutionPhylogeny calibrationPseudo-chronograms

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2017, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Ecology, Evolution, Behavior and Systematics. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 3.62. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 6.02 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 20.59 (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-18, el siguiente número de citas:

  • WoS: 94
  • Scopus: 109

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-18:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 254.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 269 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 9.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 4 (Altmetric).

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (MOLINA VENEGAS, RAFAEL) .

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido MOLINA VENEGAS, RAFAEL.