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The technical support of Laura Barbado is acknowledged. This work was funded by Ministerio de Economia y Competitividad (BFU2017-84955-R) grant.

Análisis de autorías institucional

Diaz-Lopez, IreneAutor o CoautorToribio, ReneAutor o CoautorVentoso, IvánAutor o Coautor

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23 de noviembre de 2020
Publicaciones
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Artículo
Sí

Mapping mRNA-18S rRNA Contacts Within Translation Initation Complex by Means of Reverse Transcriptase Termination Sites and RNAseq

Publicado en:Bio Protoc. 10 (16): e3713- - 2020-08-20 10(16), DOI: 10.21769/BioProtoc.3713

Autores: Diaz-Lopez, Irene; Toribio, Rene; Ventoso, Ivan;

Afiliaciones

‎ MRC Lab Mol Biol, Cambridge, England - Autor o Coautor
‎ Univ Autonoma Madrid UAM, Ctr Biol Mol Severo Ochoa CSIC UAM, Madrid, Spain - Autor o Coautor
‎ UPM INIA, Ctr Biotecnol & Genom Plantas, Madrid, Spain - Autor o Coautor

Resumen

The nucleotides involved in RNA-RNA interaction can be tagged by chemical- or UV-induced crosslinking, and further identified by classical or modern high throughput techniques. The contacts of mRNA with 18S rRNA that occur along the mRNA channel of 40S subunit have been mapped by site-specific UV crosslinking followed by reverse transcriptase termination sites (RTTS) using radioactive or fluorescent oligonucleotides. However, the sensitivity of this technique is restricted to the detection of those fragments that resulted from the most frequent crosslinkings. Here, we combined RTTS with RNAseq to map the mRNA-18S rRNA contacts with a much deeper resolution. Although aimed to detect the interaction of mRNA with the ES6S region of 18S rRNA, this technique can also be applied to map the interaction of mRNA with other non-coding RNA molecules (e.g., snRNAs, microRNAs and lncRNAs) during transcription, splicing or RNA-mediated postranscriptional regulation.

Palabras clave

reverse transcription stopribosomerna-rna interactionrnaseqsite-specific crosslinkingtranslation initiationMrnaReverse transcription stopRibosomeRna-rna interactionRnaseqSite-specific crosslinkingTranslation initiation

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Bio Protoc, Q4 Agencia Scopus (SJR), su enfoque regional y su especialización en Neuroscience (Miscellaneous), le otorgan un reconocimiento lo suficientemente significativo en un nicho concreto del conocimiento científico a nivel internacional.

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-22:

  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 2 (PlumX).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United Kingdom.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (DIAZ LOPEZ, IRENE) .