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Sanchiz AAutor o CoautorRastrojo AAutor o CoautorGonzález-De La Fuente SgdlAutor o CoautorRequena JmAutor (correspondencia)

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The Experimental Proteome of Leishmania infantum Promastigote and Its Usefulness for Improving Gene Annotations

Publicado en:Genes. 11 (9): 1036- - 2020-09-01 11(9), DOI: 10.3390/genes11091036

Autores: Sanchiz, Africa; Morato, Esperanza; Rastrojo, Alberto; Camacho, Esther; Gonzalez-de La Fuente, Sandra; Marina, Anabel; Aguado, Begona; Requena, Jose M

Afiliaciones

Univ Autonoma Madrid, UAM CSIC, Ctr Biol Mol Severo Ochoa CBMSO, Campus Excelencia Int CEI, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
Universidad Autónoma de Madrid - Autor o Coautor

Resumen

Leishmania infantum causes visceral leishmaniasis (kala-azar), the most severe form of leishmaniasis, which is lethal if untreated. A few years ago, the re-sequencing and de novo assembling of the L. infantum (JPCM5 strain) genome was accomplished, and now we aimed to describe and characterize the experimental proteome of this species. In this work, we performed a proteomic analysis from axenic cultured promastigotes and carried out a detailed comparison with other Leishmania experimental proteomes published to date. We identified 2352 proteins based on a search of mass spectrometry data against a database built from the six-frame translated genome sequence of L. infantum. We detected many proteins belonging to organelles such as glycosomes, mitochondria, or flagellum, as well as many metabolic enzymes and many putative RNA binding proteins and molecular chaperones. Moreover, we listed some proteins presenting post-translational modifications, such as phosphorylations, acetylations, and methylations. On the other hand, the identification of peptides mapping to genomic regions previously annotated as non-coding allowed for the correction of annotations, leading to the N-terminal extension of protein sequences and the uncovering of eight novel protein-coding genes. The alliance of proteomics, genomics, and transcriptomics has resulted in a powerful combination for improving the annotation of the L. infantum reference genome.

Palabras clave

leishmania infantummass spectrometrypost-translational modifications (ptms)proteogenomicsProteome

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Genes debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2020, se encontraba en la posición 65/175, consiguiendo con ello situarse como revista Q2 (Segundo Cuartil), en la categoría Genetics & Heredity. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada en el Cuartil Q2 para la agencia Scopus (SJR) en la categoría Genetics.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 1.07. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.03 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 3.43 (fuente consultada: Dimensions Jun 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-06-30, el siguiente número de citas:

  • WoS: 14
  • Scopus: 16
  • Europe PMC: 6

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-06-30:

  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 28 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

    Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

    • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
    • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://repositorio.uam.es/handle/10486/705893

    Análisis de liderazgo de los autores institucionales

    Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (SANCHIZ GIRALDO, AFRICA) y Último Autor (REQUENA ROLANIA, JOSE MARIA).

    el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido REQUENA ROLANIA, JOSE MARIA.