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Garcia SAutor o CoautorSoler JmAutor o Coautor

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16 de junio de 2020
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Siesta: Recent developments and applications

Publicado en:JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS. 152 (20): 204108- - 2020-05-29 152(20), DOI: 10.1063/5.0005077

Autores: García A; Papior N; Akhtar A; Artacho E; Blum V; Bosoni E; Brandimarte P; Brandbyge M; Cerdá JI; Corsetti F; Cuadrado R; Dikan V; Ferrer J; Gale J; García-Fernández P; García-Suárez VM; García S; Huhs G; Illera S; Korytár R; Koval P; Lebedeva I; Lin L; López-Tarifa P; Mayo SG; Mohr S; Ordejón P; Postnikov A; Pouillon Y; Pruneda M; Robles R; Sánchez-Portal D; Soler JM; Ullah R; Yu VWZ; Junquera J

Afiliaciones

Barcelona Super Comp Ctr, C Jordi Girona 29, Barcelona 08034, Spain - Autor o Coautor
Basque Fdn Sci, Ikerbasque, Bilbao 48011, Spain - Autor o Coautor
BIST, Campus UAB, Bellaterra 08193, Spain - Autor o Coautor
Centro Nacional de Supercomputacion - Autor o Coautor
Charles Univ Prague, Fac Math & Phys, Dept Condensed Matter Phys, Ke Karlovu 5, Prague 12116 2, Czech Republic - Autor o Coautor
Charles University - Autor o Coautor
CIC Nanogune BRTA, Tolosa Hiribidea 76, San Sebastian 20018, Spain - Autor o Coautor
CSIC - Instituto de Ciencia de Materiales de Barcelona (ICMAB) - Autor o Coautor
CSIC - Instituto de Ciencia de Materiales de Madrid (ICMM) - Autor o Coautor
CSIC UPV Centro de Fisica de Materials CFM - Autor o Coautor
CSIC, Catalan Inst Nanosci & Nanotechnol ICN2, Campus UAB, Bellaterra 08193, Spain - Autor o Coautor
Ctr Mixto CSIC UPV EHU, Ctr Fis Mat, Paseo Manuel de Lardizabal 5, Donostia San Sebastian 20018, Spain - Autor o Coautor
Curtin Univ, Sch Mol & Life Sci, Curtin Inst Computat, Inst Geosci Res TIGeR, POB U1987, Perth, WA 6845, Australia - Autor o Coautor
Curtin University of Technology, The Institute for Geoscience Research - Autor o Coautor
Danmarks Tekniske Universitet - Autor o Coautor
Donostia Int Phys Ctr DIPC, Paseo Manuel de Lardizabal 4, Donostia San Sebastian 20018, Spain - Autor o Coautor
Donostia International Physics Center - Autor o Coautor
Duke Univ, Dept Chem, Durham, NC 27708 USA - Autor o Coautor
Duke Univ, Dept Mech Engn & Mat Sci, Durham, NC 27708 USA - Autor o Coautor
Duke University - Autor o Coautor
Inst Ciencia Mat Barcelona ICMAB CSIC, E-08193 Bellaterra, Spain - Autor o Coautor
Inst Ciencia Mat Madrid ICMM CSIC, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
Institut Catala de Nanociencia i Nanotecnologia - Autor o Coautor
Laboratoire de Chimie et de Physique Approche Multi-échelles des Milieux Complexes (LCP-A2MC) - Autor o Coautor
Lawrence Berkeley Natl Lab, Computat Res Div, Berkeley, CA 94720 USA - Autor o Coautor
Simune Atomist SL, Tolosa Hiribidea 76, Donostia San Sebastian 20018, Spain - Autor o Coautor
Tech Univ Denmark, Ctr Nanostruct Graphene CNG, DTU Phys, DK-2800 Lyngby, Denmark - Autor o Coautor
Tech Univ Denmark, DTU Comp Ctr, DK-2800 Lyngby, Denmark - Autor o Coautor
Tolosa Hiribidea - Autor o Coautor
Tolosa Hiribidea 76 - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Dept Fis Mat Condensada, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Inst Fis Mat Condensada IFIMAC, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
Univ Basque Country, Dept Fis Mat, Paseo Manuel de Lardizabal 3, Donostia San Sebastian 20018, Spain - Autor o Coautor
Univ Calif Berkeley, Dept Math, Berkeley, CA 94720 USA - Autor o Coautor
Univ Cambridge, Cavendish Lab, Theory Condensed Matter, Cambridge CB3 OHE, England - Autor o Coautor
Univ Cantabria, Dept Ciencias Tierra & Fis Mat Condensada, Cantabria Campus Int,Ave Castros S-N, Santander 39005, Spain - Autor o Coautor
Univ Lorraine, LCP A2MC, 1 Bd Arago, F-57078 Metz, France - Autor o Coautor
Univ Oviedo, Dept Phys, Oviedo 33007, Spain - Autor o Coautor
Univ Oviedo, Nanomat & Nanotechnol Res Ctr, CSIC, Oviedo 33007, Spain - Autor o Coautor
Universidad Autónoma de Madrid - Autor o Coautor
Universidad de Cantabria - Autor o Coautor
Universidad de Oviedo - Autor o Coautor
University of California, Berkeley - Autor o Coautor
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Resumen

A review of the present status, recent enhancements, and applicability of the Siesta program is presented. Since its debut in the mid-1990s, Siesta's flexibility, efficiency, and free distribution have given advanced materials simulation capabilities to many groups worldwide. The core methodological scheme of Siesta combines finite-support pseudo-atomic orbitals as basis sets, norm-conserving pseudopotentials, and a real-space grid for the representation of charge density and potentials and the computation of their associated matrix elements. Here, we describe the more recent implementations on top of that core scheme, which include full spin-orbit interaction, non-repeated and multiple-contact ballistic electron transport, density functional theory (DFT)+U and hybrid functionals, time-dependent DFT, novel reduced-scaling solvers, density-functional perturbation theory, efficient van der Waals non-local density functionals, and enhanced molecular-dynamics options. In addition, a substantial effort has been made in enhancing interoperability and interfacing with other codes and utilities, such as wannier90 and the second-principles modeling it can be used for, an AiiDA plugin for workflow automatization, interface to Lua for steering Siesta runs, and various post-processing utilities. Siesta has also been engaged in the Electronic Structure Library effort from its inception, which has allowed the sharing of various low-level libraries, as well as data standards and support for them, particularly the PSeudopotential Markup Language definition and library for transferable pseudopotentials, and the interface to the ELectronic Structure Infrastructure library of solvers. Code sharing is made easier by the new open-source licensing model of the program. This review also presents examples of application of the capabilities of the code, as well as a view of on-going and future developments.

Palabras clave

ApproximationDensity-functional theoryEdgeEfficientElastic band methodElectronic-structure calculationsModelMolecular-dynamicsTight-bindingTransport

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2020, se encontraba en la posición 9/37, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Physics, Atomic, Molecular & Chemical.

Esta publicación ha sido distinguida como “Highly Cited Paper” según las agencias WoS (ESI, Clarivate) y ESI (Clarivate), lo que significa que se sitúa dentro del 1% superior de los artículos más citados en su campo temático durante el año de su publicación. En términos del impacto observado de la aportación, este trabajo es considerado como uno de los más influyentes a nivel mundial, al ser considerado como altamente citado. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Y así lo demuestran los altísimos impactos normalizados a través de algunos de los principales indicadores de este tipo, y que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, ya apuntan a estar muy por encima de la media en diferentes agencias:

  • Normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada (ESI) de la agencia Clarivate: 12.4 (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)
  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 13.84 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-02, el siguiente número de citas:

  • WoS: 282
  • Scopus: 220

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-02:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 253.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 253 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 31.15.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 23 (Altmetric).
  • El número de menciones en Wikipedia: 1 (Altmetric).

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Australia; Czech Republic; Denmark; France; United Kingdom; United States of America.