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Nuñez AAutor o CoautorRastrojo AAutor o CoautorGuantes RAutor o Coautor

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6 de mayo de 2017
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Artículo
Sí

Validation of the Hirst-type spore trap for simultaneous monitoring of prokaryotic and eukaryotic biodiversity in urban air samples by NGS.

Publicado en:APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY. (): e00472-17 - 2017-01-01 (), DOI: 10.1128/AEM.00472-17

Autores: Núñez A, Amo de Paz G, Ferencova Z, Rastrojo A, Guantes R, García AM, Alcamí A, Gutiérrez-Bustillo AM, Moreno DA

Afiliaciones

Centro de Biología Molecular Severo Ochoa, Consejo Superior de Investigaciones Científicas-Universidad Autónoma de Madrid (CSIC-UAM), Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Departamento de Biología Vegetal II, Universidad Complutense de Madrid (UCM), Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Department of Condensed Matter Physics, Faculty of Sciences, Universidad Autónoma de Madrid, Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Escuela Técnica Superior de Ingenieros Industriales, Universidad Politécnica de Madrid (ETSII-UPM), Madrid, Spain diego.moreno@upm.es. - Autor o Coautor
Escuela Técnica Superior de Ingenieros Industriales, Universidad Politécnica de Madrid (ETSII-UPM), Madrid, Spain. - Autor o Coautor
UAM, CSIC, Ctr Biol Mol Severo Ochoa, Madrid, Spain - Autor o Coautor
UCM, Dept Biol Vegetal 2, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Dept Condensed Matter Phys, Fac Sci, Madrid, Spain - Autor o Coautor
UPM, ETSII, Madrid, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Pollen, fungi, and bacteria are the main microscopic biological entities present in outdoor air, causing allergy symptoms and disease transmission and having a significant role in atmosphere dynamics. Despite their relevance, a method for monitoring simultaneously these biological particles in metropolitan environments has not yet been developed. Here, we assessed the use of the Hirst-type spore trap to characterize the global airborne biota by high-throughput DNA sequencing, selecting regions of the 16S rRNA gene and internal transcribed spacer for the taxonomic assignment. We showed that aerobiological communities are well represented by this approach. The operational taxonomic units (OTUs) of two traps working synchronically compiled >87% of the total relative abundance for bacterial diversity collected in each sampler, >89% for fungi, and >97% for pollen. We found a good correspondence between traditional characterization by microscopy and genetic identification, obtaining more-accurate taxonomic assignments and detecting a greater diversity using the latter. We also demonstrated that DNA sequencing accurately detects differences in biodiversity between samples. We concluded that high-throughput DNA sequencing applied to aerobiological samples obtained with Hirst spore traps provides reliable results and can be easily implemented for monitoring prokaryotic and eukaryotic entities present in the air of urban areas.IMPORTANCE Detection, monitoring, and characterization of the wide diversity of biological entities present in the air are difficult tasks that require time and expertise in different disciplines. We have evaluated the use of the Hirst spore trap (an instrument broadly employed in aerobiological studies) to detect and identify these organisms by DNA-based analyses. Our results showed a consistent collection of DNA and a good concordance with traditional methods for identification, suggesting that these devices can be used as a tool for continuous monitoring of the airborne biodiversity, improving taxonomic resolution and characterization together. They are also suitable for acquiring novel DNA amplicon-based information in order to gain a better understanding of the biological particles present in a scarcely known environment such as the air.Copyright © 2017 American Society for Microbiology.

Palabras clave

Airborne biodiversityBioaerosol monitoringHirst-type spore trapMethods in aerobiologyNext-generation sequencing (ngs)

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2017, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Food Science. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 1.05. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.46 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 4.03 (fuente consultada: Dimensions Aug 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-08-10, el siguiente número de citas:

  • WoS: 26
  • Scopus: 35
  • Europe PMC: 8

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-08-10:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 81.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 81 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 0.5.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (NUÑEZ HERNÁNDEZ, ANDRÉS) .