{rfName}
Sc

Licencia y uso

Icono OpenAccess

Altmetrics

Análisis de autorías institucional

Quintana, AAutor o CoautorMarabini, RAutor o CoautorCarazo, JmAutor o Coautor

Compartir

Publicaciones
>
Artículo

Scipion: A software framework toward integration, reproducibility and validation in 3D electron microscopy

Publicado en:JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY. 195 (1): 93-9-99 - 2016-07-01 195(1), DOI: 10.1016/j.jsb.2016.04.010

Autores: de la Rosa-Trevín JM, Quintana A, Del Cano L, Zaldívar A, Foche I, Gutiérrez J, Gómez-Blanco J, Burguet-Castell J, Cuenca-Alba J, Abrishami V, Vargas J, Otón J, Sharov G, Vilas JL, Navas J, Conesa P, Kazemi M, Marabini R, Sorzano CO, Carazo JM

Afiliaciones

Campus Univ Autonoma Madrid, CSIC, Natl Biotechnol Ctr, Biocomp Unit, Darwin 3, Madrid 28049, Spain.      Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (CSIC) - Autor o Coautor
Campus Univ Autonoma Madrid, CSIC, Natl Biotechnol Ctr, Biocomp Unit, Darwin 3, Madrid 28049, Spain      Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (CSIC) - Autor o Coautor
EyeSeeTea Ltd, Delta Pl,27 Bath Rd, Cheltenham GL53 7TH, Glos, England - Autor o Coautor
Inst Genet & Biol Mol & Cellulaire, 1 Rue Laurent Fries, F-67400 Illkirch Graffenstaden, France      Universites de Strasbourg Etablissements Associes    Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (Inserm)    Universite de Strasbourg - Autor o Coautor
UCL, Neurosci Physiol & Pharmacol Dept, Gower St, London WC1E 6BT, England      University of London    University College London       - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Escuela Politecn Super, Campus Univ Autonoma, E-28049 Madrid, Spain      Autonomous University of Madrid - Autor o Coautor
Univ CEU San Pablo, Bioengn Lab, Campus Urb Monteprincipe S-N, Madrid 28668, Spain      San Pablo CEU University - Autor o Coautor
Ver más

Resumen

In the past few years, 3D electron microscopy (3DEM) has undergone a revolution in instrumentation and methodology. One of the central players in this wide-reaching change is the continuous development of image processing software. Here we present Scipion, a software framework for integrating several 3DEM software packages through a workflow-based approach. Scipion allows the execution of reusable, standardized, traceable and reproducible image-processing protocols. These protocols incorporate tools from different programs while providing full interoperability among them. Scipion is an open-source project that can be downloaded from http://scipion.cnb.csic.es.Copyright © 2016 Elsevier Inc. All rights reserved.

Palabras clave

electron microscopyimage processingreproducibilitysingle particle analysissoftware packageElectron microscopyImage processingReproducibilitySingle particle analysisSoftware packageWorkflows

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2016, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Structural Biology.

Esta publicación ha sido distinguida como “Highly Cited Paper” según las agencias WoS (ESI, Clarivate) y ESI (Clarivate), lo que significa que se sitúa dentro del 1% superior de los artículos más citados en su campo temático durante el año de su publicación. En términos del impacto observado de la aportación, este trabajo es considerado como uno de los más influyentes a nivel mundial, al ser considerado como altamente citado. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Y así lo demuestran los altísimos impactos normalizados a través de algunos de los principales indicadores de este tipo, y que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, ya apuntan a estar muy por encima de la media en diferentes agencias:

  • Normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada (ESI) de la agencia Clarivate: 11.51 (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)
  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 13.55 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 49.59 (fuente consultada: Dimensions Jun 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-06-27, el siguiente número de citas:

  • WoS: 376
  • Scopus: 401
  • Europe PMC: 268

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-06-27:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 334.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 334 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 11.08.

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: France; United Kingdom.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (de la Rosa-Trevin, JM) y Último Autor (CARAZO GARCIA, JOSE MARIA S.).