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Baena Ropero, IreneAutor o CoautorBonilla Mangas, IldefonsoAutor o CoautorLloret Romero, Francisco JavierAutor o Coautor

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22 de septiembre de 2015
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Artículo
Sí

The Sinorhizobium fredii HH103 genome: A comparative analysis with S. fredii strains differing in their symbiotic behavior with soybean

Publicado en:MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS. 28 (7): 811-824 - 2015-07-01 28(7), DOI: 10.1094/MPMI-12-14-0397-FI

Autores: Vinardell J; Acosta-Jurado S; Zehner S; Göttfert M; Becker A; Baena I; Blom J; Crespo-Rivas J; Goesmann A; Jaenicke S; Krol E; McIntosh M; Margaret I; Pérez-Montaño F; Schneiker-Bekel S; Serranía J; Szczepanowski R; Buendía A; Lloret J; Bonilla I; Pühler A; Ruiz-Sainz J; Weidner S

Afiliaciones

Centrum für Biotechnologie (CeBiTec), Universität Bielefeld, Universitaetsstr. 27, Bielefeld, Germany - Autor o Coautor
Departamento de Biología, Facultad de Ciencias, Universidad Autónoma de Madrid, Darwin 2, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Departamento de Microbiología, Facultad de Biología, Universidad de Sevilla, Avda. Reina Mercedes 6, Sevilla, Spain - Autor o Coautor
LOEWE Center for Synthetic Microbiology (SYNMIKRO), Faculty of Biology, Philipps-Universität Marburg, Hans-Meerwein-Str. 6, Marburg, Germany - Autor o Coautor
Technische Universität Dresden, Institut für Genetik, Helmholtzstrasse 10, Dresden, Germany - Autor o Coautor
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Resumen

Sinorhizobium fredii HH103 is a fast-growing rhizobial strain infecting a broad range of legumes including both American and Asiatic soybeans. In this work, we present the sequencing and annotation of the HH103 genome (7.25 Mb), consisting of one chromosome and six plasmids and representing the structurally most complex sinorhizobial genome sequenced so far. Comparative genomic analyses of S. fredii HH103 with strains USDA257 and NGR234 showed that the core genome of these three strains contains 4,212 genes (61.7% of the HH103 genes). Synteny plot analysis revealed that the much larger chromosome of USDA257 (6.48 Mb) is colinear to the HH103 (4.3 Mb) and NGR324 chromosomes (3.9 Mb). An additional region of the USDA257 chromosome of about 2 Mb displays similarity to plasmid pSfHH103e. Remarkable differences exist between HH103 and NGR234 concerning nod genes, flavonoid effect on surface polysaccharide production, and quorum-sensing systems. Furthermore a number of protein secretion systems have been found. Two genes coding for putative type III-secreted effectors not previously described in S. fredii, nopI and gunA, have been located on the HH103 genome. These differences could be important to understand the different symbiotic behavior of S. fredii strains HH103, USDA257, and NGR234 with soybean.

Palabras clave

Glycine maxSinorhizobium fredii

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2015, se encontraba en la posición 18/209, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Plant Sciences.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 1.17. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 2.08 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 4.65 (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-04, el siguiente número de citas:

  • WoS: 42
  • Scopus: 44
  • Europe PMC: 34

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-04:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 47.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 47 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 1.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Germany.