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This work was supported by Instituto de Salud Carlos III, Spanish Ministry of Science and Innovation (COVID-19 Research Call COV20/00181), and co-financed by European Development Regional Fund 'A way to achieve Europe'. The work was also supported by grants CSIC-COV19-014 from Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (CSIC), project 525/C/2021 from Fundacio La Marato de TV3, PID2020-113888RB-I00 from Ministerio de Ciencia e Innovacion, BFU2017-91384-EXP from Ministerio de Ciencia, Innovacion y Universidades (MCIU), PI18/00210 and PI21/00139 from Instituto de Salud Carlos III, and S2018/BAA-4370 (PLATESA2 from Comunidad de Madrid/FEDER). C.P., M.C., and P.M. are supported by the Miguel Servet programme of the Instituto de Salud Carlos III (CPII19/00001, CPII17/00006, and CP16/00116, respectively) cofinanced by the European Regional Development Fund (ERDF). CIBERehd (Centro de Investigacion en Red de Enfermedades Hepaticas y Digestivas) is funded by Instituto de Salud Carlos III. Institutional grants from the Fundacion Ramon Areces and Banco Santander to the CBMSO are also acknowledged. The team at CBMSO belongs to the Global Virus Network (GVN). B.M.-G. is supported by predoctoral contract PFIS FI19/00119 from Instituto de Salud Carlos III (Ministerio de Sanidad y Consumo) cofinanced by Fondo Social Europeo (FSE). R.L.-V. is supported by predoctoral contract PEJD-2019-PRE/BMD-16414 from Comunidad de Madrid. C.G.-C. is supported by predoctoral contract PRE2018-083422 from MCIU. P.S. is supported by postdoctoral contract "Margarita Salas" CA1/RSUE/2021 from MCIU. B.S. was supported by a predoctoral research fellowship (Doctorados Industriales, DI-17-09134) from Spanish MINECO.

Análisis de autorías institucional

Somovilla, PilarAutor o CoautorEsteban, JaimeAutor o CoautorFernandez-Roblas, RicardoAutor o CoautorGadea, IgnacioAutor o CoautorAyuso, CarmenAutor o Coautor

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Artículo

SARS-CoV-2 Mutant Spectra at Different Depth Levels Reveal an Overwhelming Abundance of Low Frequency Mutations

Publicado en:Pathogens. 11 (6): 662- - 2022-06-01 11(6), DOI: 10.3390/pathogens11060662

Autores: Martinez-Gonzalez, Brenda; Eugenia Soria, Maria; Vazquez-Sirvent, Lucia; Ferrer-Orta, Cristina; Lobo-Vega, Rebeca; Minguez, Pablo; de la Fuente, Lorena; Llorens, Carlos; Soriano, Beatriz; Ramos-Ruiz, Ricardo; Corton, Marta; Lopez-Rodriguez, Rosario; Garcia-Crespo, Carlos; Somovilla, Pilar; Duran-Pastor, Antoni; Gallego, Isabel; Isabel de Avila, Ana; Delgado, Soledad; Moran, Federico; Lopez-Galindez, Cecilio; Gomez, Jordi; Enjuanes, Luis; Salar-Vidal, Llanos; Esteban-Munoz, Mario; Esteban, Jaime; Fernandez-Roblas, Ricardo; Gadea, Ignacio; Ayuso, Carmen; Ruiz-Hornillos, Javier; Verdaguer, Nuria; Domingo, Esteban; Perales, Celia

Afiliaciones

Resumen

Populations of RNA viruses are composed of complex and dynamic mixtures of variant genomes that are termed mutant spectra or mutant clouds. This applies also to SARS-CoV-2, and mutations that are detected at low frequency in an infected individual can be dominant (represented in the consensus sequence) in subsequent variants of interest or variants of concern. Here we briefly review the main conclusions of our work on mutant spectrum characterization of hepatitis C virus (HCV) and SARS-CoV-2 at the nucleotide and amino acid levels and address the following two new questions derived from previous results: (i) how is the SARS-CoV-2 mutant and deletion spectrum composition in diagnostic samples, when examined at progressively lower cut-off mutant frequency values in ultra-deep sequencing; (ii) how the frequency distribution of minority amino acid substitutions in SARS-CoV-2 compares with that of HCV sampled also from infected patients. The main conclusions are the following: (i) the number of different mutations found at low frequency in SARS-CoV-2 mutant spectra increases dramatically (50- to 100-fold) as the cut-off frequency for mutation detection is lowered from 0.5% to 0.1%, and (ii) that, contrary to HCV, SARS-CoV-2 mutant spectra exhibit a deficit of intermediate frequency amino acid substitutions. The possible origin and implications of mutant spectrum differences among RNA viruses are discussed.

Palabras clave

Covid-19DeletionFitnesGenotype 2Hepatitis-c virusInfectionLethal mutagenesisMutationNsp12 (polymerase)Resistance-associated substitutionsRna virusSars-associated coronavirusSofosbuvirSpikSpikeUltra-deep sequencingVariantsViral quasispecies

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Pathogens debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2022, se encontraba en la posición 62/135, consiguiendo con ello situarse como revista Q2 (Segundo Cuartil), en la categoría Microbiology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada en el Cuartil Q2 para la agencia Scopus (SJR) en la categoría Immunology and Microbiology (Miscellaneous).

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 4.08. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 2.76 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 6.67 (fuente consultada: Dimensions May 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-05-31, el siguiente número de citas:

  • WoS: 17
  • Scopus: 16
  • Europe PMC: 14
  • Google Scholar: 21
  • OpenCitations: 17

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-31:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 16.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 16 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 9.23.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 4 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Martinez-Gonzalez, Brenda) y Último Autor (Perales, Celia).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Perales, Celia.