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10 de junio de 2024
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Nucleosomal DNA has topological memory

Publicado en: Nature Communications. 15 (1): 4526- - 2024-05-28 15(1), DOI: 10.1038/s41467-024-49023-4

Autores:

Segura, J; Díaz-Ingelmo, O; Martínez-García, B; Ayats-Fraile, A; Nikolaou, C; Roca, J
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Afiliaciones

BSRC Alexander Fleming, Computat Genom Grp, Athens, Greece - Autor o Coautor
CSIC, Mol Biol Inst Barcelona IBMB, DNA Topol Lab, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
UAM, Ctr Biol Mol Severo Ochoa, CSIC, Madrid, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

One elusive aspect of the chromosome architecture is how it constrains the DNA topology. Nucleosomes stabilise negative DNA supercoils by restraining a DNA linking number difference (triangle Lk) of about -1.26. However, whether this capacity is uniform across the genome is unknown. Here, we calculate the triangle Lk restrained by over 4000 nucleosomes in yeast cells. To achieve this, we insert each nucleosome in a circular minichromosome and perform Topo-seq, a high-throughput procedure to inspect the topology of circular DNA libraries in one gel electrophoresis. We show that nucleosomes inherently restrain distinct triangle Lk values depending on their genomic origin. Nucleosome DNA topologies differ at gene bodies (triangle Lk = -1.29), intergenic regions (triangle Lk = -1.23), rDNA genes (triangle Lk = -1.24) and telomeric regions (triangle Lk = -1.07). Nucleosomes near the transcription start and termination sites also exhibit singular DNA topologies. Our findings demonstrate that nucleosome DNA topology is imprinted by its native chromatin context and persists when the nucleosome is relocated. Here, the authors develop Topo-seq to measure the DNA topology (triangle Lk) restrained by individual nucleosomes in vivo. They show that nucleosome DNA topology is imprinted by its native chromatin context and persists when the nucleosome is relocated.
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Palabras clave

ChromatinDnaDna, fungalGene-expressionNucleic acid conformationNucleosomesOrganizationPositionsSaccharomyces cerevisiaeSaccharomyces-cerevisiaeSequenceTelomereYeast

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Nature Communications debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2024 aún no existen indicios calculados, pero en 2023, se encontraba en la posición 10/136, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Multidisciplinary Sciences. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-05:

  • WoS: 1
  • Scopus: 1
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-05:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 18.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 18 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 7.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 13 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Greece.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Segura, Joana) .

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Reconocimientos ligados al ítem

The authors thank the CNAG Sequencing Service and the CRG Bioinformatics Core Facility for assistance; F. Azorin, G. Vicent and V. Zhurkin for discussing results. This work is supported by the Plan Estatal de Investigacion Cientifica y Tecnica of Spain, with grant PID2019-109482GB-I00 to J.R.; research fellowships BES-2012-061167 to J.S. and PRE2020-093378 to A.A-F.
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