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D.N. acknowledges funding from ETH Zurich, the Swiss National Science Foundation (Project No. Grant No. 310030B_163479/1), and the European Research Council (ERC) under the European Union's Horizon 2020 research and innovation program (Grant Agreement No. 670603). The authors acknowledge the rest of Philochem's chemistry team for final feedback on the manuscript.

Análisis de autorías institucional

Gironda-Martínez, AdriánAutor o Coautor

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18 de junio de 2024
Publicaciones
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Review

DNA-Encoded Chemical Libraries: A Comprehensive Review with Succesful Stories and Future Challenges

Publicado en:ACS Pharmacology and Translational Science. 4 (4): 1265-1279 - 2021-06-14 4(4), DOI: 10.1021/acsptsci.1c00118

Autores: Gironda-Martinez, Adrian; Donckele, Etienne J; Samain, Florent; Neri, Dario

Afiliaciones

Philochem AG, CH-8112 Otelfingen, Switzerland - Autor o Coautor
Philogen SpA, I-53100 Siena, Italy - Autor o Coautor
Swiss Fed Inst Technol, Dept Chem & Appl Biosci, CH-8093 Zurich, Switzerland - Autor o Coautor

Resumen

DNA-encoded chemical libraries (DELs) represent a versatile and powerful technology platform for the discovery of small-molecule ligands to protein targets of biological and pharmaceutical interest. DELs are collections of molecules, individually coupled to distinctive DNA tags serving as amplifiable identification barcodes. Thanks to advances in DNA-compatible reactions, selection methodologies, next-generation sequencing, and data analysis, DEL technology allows the construction and screening of libraries of unprecedented size, which has led to the discovery of highly potent ligands, some of which have progressed to clinical trials. In this Review, we present an overview of diverse approaches for the generation and screening of DEL molecular repertoires. Recent success stories are described, detailing how novel ligands were isolated from DEL screening campaigns and were further optimized by medicinal chemistry. The goal of the Review is to capture some of the most recent developments in the field, while also elaborating on future challenges to further improve DEL technology as a therapeutic discovery platform.

Palabras clave

Affinity selectionsBinding-affinityDesignDna-encoded librariesDrug discoveryHit-validation methodologiesIn-vivoInhibitorLigand-target pairsMachine learninMachine learningNext-generation sequencingProtein immobilization strategiesSelectionSmall moleculesSmall-molecule libraries

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista ACS Pharmacology and Translational Science debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2021, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Pharmacology (Medical). Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 12.2. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 15.57 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 37.42 (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-16, el siguiente número de citas:

  • WoS: 110
  • Scopus: 123
  • Europe PMC: 53

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-16:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 312.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 330 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 19.45.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 11 (Altmetric).
  • El número de menciones en medios de comunicación: 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Italy; Switzerland.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (GIRONDA MARTINEZ, ADRIAN) .