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Somovilla, PilarAutor o CoautorEsteban, JaimeAutor o CoautorFernandez-Roblas, RicardoAutor o CoautorGadea, IgnacioAutor o Coautor

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7 de octubre de 2024
Publicaciones
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Artículo

SARS-CoV-2 mutant spectra as variant of concern nurseries: endless variation?

Publicado en:Frontiers in Microbiology. 15 1358258- - 2024-03-14 15(), DOI: 10.3389/fmicb.2024.1358258

Autores: Martinez-Gonzalez, Brenda; Soria, Maria Eugenia; Minguez, Pablo; Lorenzo-Redondo, Ramon; Salar-Vidal, Llanos; Lopez-Garcia, Alberto; Esteban-Munoz, Mario; Duran-Pastor, Antoni; Somovilla, Pilar; Garcia-Crespo, Carlos; de avila, Ana Isabel; Gomez, Jordi; Esteban, Jaime; Fernandez-Roblas, Ricardo; Gadea, Ignacio; Domingo, Esteban; Perales, Celia

Afiliaciones

CSIC, Ctr Nacl Biotecnol CNB CSIC, Dept Mol & Cell Biol, Campus Cantoblanco, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Ctr Biol Mol Severo Ochoa CSIC UAM, Campus Cantoblanco, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Ctr Biomed Res Infect Dis Network CIBERINFEC, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Fdn Jimenez Diaz Univ Hosp, Hlth Res Inst IIS FJD, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Inst Parasitol & Biomed Lopez Neyra CSIC, Parque Tecnol Ciencias Salud, Granada, Spain - Autor o Coautor
Inst Salud Carlos III, Ctr Biomed Network Res Rare Dis CIBERER, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Northwestern Univ, Ctr Pathogen Genom & Microbial Evolut, Feinberg Sch Med, Div Infect Dis, Chicago, IL USA - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid IIS FJD, Fdn Jimenez Diaz Univ Hosp, Inst Invest Sanitaria, Bioinformat Unit,UAM, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid IIS FJD, Fdn Jimenez Diaz Univ Hosp, Inst Invest Sanitaria, Dept Genet & Genom,UAM, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid IIS FJD, Fdn Jimenez Diaz Univ Hosp, UAM, Dept Clin Microbiol,Inst Invest Sanitaria, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Dept Biol Mol, Campus Cantoblanco, Madrid, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Introduction SARS-CoV-2 isolates of a given clade may contain low frequency genomes that encode amino acids or deletions which are typical of a different clade.Methods Here we use high resolution ultra-deep sequencing to analyze SARS-CoV-2 mutant spectra.Results In 6 out of 11 SARS-CoV-2 isolates from COVID-19 patients, the mutant spectrum of the spike (S)-coding region included two or more amino acids or deletions, that correspond to discordant viral clades. A similar observation is reported for laboratory populations of SARS-CoV-2 USA-WA1/2020, following a cell culture infection in the presence of remdesivir, ribavirin or their combinations. Moreover, some of the clade-discordant genome residues are found in the same haplotype within an amplicon.Discussion We evaluate possible interpretations of these findings, and reviewed precedents for rapid selection of genomes with multiple mutations in RNA viruses. These considerations suggest that intra-host evolution may be sufficient to generate minority sequences which are closely related to sequences typical of other clades. The results provide a model for the origin of variants of concern during epidemic spreadin particular Omicron lineagesthat does not require prolonged infection, involvement of immunocompromised individuals, or participation of intermediate, non-human hosts.

Palabras clave

Clade-discordant residuesCovid-19OriginRna virusUltra-deep sequencingVariant of concerVariant of concernViral emergenceViral quasispecies

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Frontiers in Microbiology debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2024 aún no existen indicios calculados, pero en 2023, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Microbiology.

2025-07-20:

  • Google Scholar: 1

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-20:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 3.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 4 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 1.35.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 3 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://repositorio.uam.es/handle/10486/718222

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United States of America.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Martinez-Gonzalez, Brenda) y Último Autor (Perales, Celia).

los autores responsables de establecer las labores de correspondencia han sido Domingo, Esteban y Perales, Celia.